日，要有虚假，就逮捕治罪。"不久，华佗被抓到许昌，曹操仍旧请他治病。华佗诊断之后，说："丞相的病已经很严重，不是针灸可以奏效的了。我想给你服麻沸散，然后剖开头颅，施行手术，这才能除去病根。"曹操一听，以为华佗要谋害他。他勃然大怒，厉声斥道："头剖开了，人还能活吗？"于是把华佗关到牢里去准备杀掉。曹操的一位谋士请求说："佗方术实工，人命所悬，宜加全宥。"曹操不听，说："不忧，天下当无此鼠辈邪？"最终将华佗杀害。

华佗临死前一天，把记录他一生行医经验的几部书拿出来，交给看管他的狱卒。希望这些多年积累的宝贵资料能流传下来。可这个狱卒胆小怕事，不敢接受。华佗只好眼含泪水，烧掉了这些资料。现在的《 中藏经 》、《 华佗方 》等医书，虽被人认为是他的著作，实际上却都是后人假托的。华佗的医学著作有《 观形察色并三部脉经 》一卷，《 枕中灸刺经 》一卷，《 华佗方 》十卷，《 华佗内事 》五卷，均已散失。但在五叔和的《 脉经 》和后世《 千金要方 》、《 外台秘要 》中，还可以看到华佗论脉和诊病的一些方法。